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数世代にわたり住宅の構造躯体が使用でき、通常想定される維持管理条件下で、構造躯体の使用継続期間が少なくとも100年程度となる措置。
（住宅性能評価等級劣化対策等級3）
極めてまれ（数百年に1度）に発生する地震に対し、継続利用のための改修の容易化を図るため、損傷のレベルの低減を図る。
（住宅性能評価等級耐震等級（倒壊等防止）2）
構造躯体に比べて耐用年数が短い内装・設備について、維持管理（清掃・点検・補修・更新）を容易に行うために必要な措置が講じられている。
(住宅性能評価等級維持管理対策等級3）
必要な断熱性能等の省エネルギー性能が確保されて、次世代省エネルギー基準に適合すること。
(住宅性能評価等級省エネルギー対策等級4）
居住者のライフスタイルの変化等に応じて間取りの変更が可能な措置。
将来のバリアフリー改修に対応できるよう、共用廊下等に必要なスペースが確保されている。
良好な景観の形成、その他の地域における居住環境の維持及び向上に配慮されたもの。
良好な居住水準を確保するために必要な規模を有し、戸建て住宅は75㎡以上。
（2人世帯の一般型誘導居住面積水準）
建築時から将来を見据えて、定期的な点検・補修等に関する計画が考えられている。維持保全計画は「構造耐力上主要な部分」「雨水の浸入を防止する部分」「給水・排水の設備」について、点検の時期・内容を定める。
（少なくとも10年ごとに点検を実施すること）
住宅ローン減税では、一般住宅で300万円の最大控除に対し、長期優良住宅の場合は、最大400万円までの控除があります。（平成24年の適用）
また、これまで所得税だけを対象にしていた住宅ローン減税が、住民税からも控除されます。所得税から控除しきれない場合には、翌年度の住民税から控除を受けることができます。
ローン減税などの他に、長期優良住宅の認定を取得すると「登録免許税」「不動産取得税」「固定資産税」の3税の負担も軽減されます。
民間金融機関が、長期優良住宅に対し最長50年の住宅ローンを供給できるようになりました。
「フラット35S」とは、省エネルギー性、耐震性、などに優れた住宅について、「フラット35」のお借入金利を一定期間引き下げる制度です。
認定長期優良住宅では、この金利引き下げは「フラット35Sエコ」（金利Aプラン）に該当します。
| 一般住宅 | 認定長期優良住宅 | |
|---|---|---|
| 所得税 ※1 （ローン減税） |
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| 所得税 ※2 （投資型減税） |
‐‐ | 標準的な性能強化費用相当額（上限1000万円）の10％相当額を、その年の所得税額から控除 |
| 登録免許税 |
（1）保存登記 1.5/1000 （2）移転登記 3.0/1000 （3）抵当権設定登記 1.0/1000 |
（1）保存登記 1.0/1000 （2）移転登記 1.0/1000 （3）抵当権設定登記 1.0/1000 |
| 不動産取得税 | 1200万円控除 | 1300万円控除 |
| 固定資産税 |
【戸建】 1～3年目 1/2軽減 【マンション】 1～3年目 1/2軽減 |
【戸建】 1～5年目 1/2軽減 【マンション】 1～7年目 1/2軽減 |
※1 控除額が所得税額を超える場合は、一定額を、個人住民税から控除することができます（当該年分の所得税の課税総所得金額等に5％を乗じて得た額（最高9.75万円）を限度）。
※2 控除額がその年の所得税額を超える場合は、翌年分の所得税額から控除することができます。
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